一、結餘款未依規定編列使用計畫
當年度用於與創設目的有關活動之支出如低於基金之每年孳息及其他各項收入60%，且當年度結餘款超過新臺幣50萬元，須就當年度全部結餘款編列使用計畫，報經主管機關查明同意留供以後年度使用，當年度結餘款才可免納所得稅。
二、以往年度結餘款支出誤列為使用年度支出項目
當年度結餘款已依前開規定編列使用計畫，並經主管機關同意留供以後年度使用，其於以後年度使用之金額，於計算使用年度支出比率時，不得列入支出項目計算。
三、漏列股利收入
獲配國內營利事業之股利，不論現金股利或股票股利，均應計入銷售貨物或勞務以外之收入，以正確計算當年度之餘絀數及支出比例。
四、誤列非銷售貨物及勞務收入
辦理各項訓練課程向參訓學員收取費用、承辦政府委辦業務取得之收入，及舉辦運動賽事、活動所收取之門票收入等，皆屬銷售貨物或提供勞務予他人以取得對價之行為，其所取得之收入應計入當年度銷售貨物或勞務收入總額，依免稅標準規定徵免所得稅。常見誤將前開收入列為銷售貨物或勞務以外之收入，影響計算銷售貨物或勞務所得之正確性。