- 營利事業交易符合所得稅法第4條之4第3項規定之被投資公司股份或出資額，應視同房屋、土地交易，惟誤列報為停徵所得稅之證券交易所得，未依所得稅法第24條之5第2項規定課徵房地合一所得稅。
- 營利事業列報之境外所得，依簽署生效之所得稅協定應由他方締約國免稅或依上限稅率課稅，其未向該國申請適用所得稅協定而溢繳該國之稅額，依適用所得稅協定查核準則第36條第2項規定，不得申報扣抵我國應納營利事業所得稅。
- 營利事業計算CFC當年度盈餘時，以外國貨幣記帳或繳納之當年度盈餘各組成項目，未依營利事業認列受控外國企業所得適用辦法第6條第4項規定，按當年度臺灣銀行每月末日之牌告外幣收盤即期買入匯率計算之年度平均匯率換算為新臺幣，致短漏報CFC投資收益。
- 營利事業投資境外公司獲配應稅股利所得，誤依所得稅法第42條規定，列報為不計入所得額課稅之投資收益。
- 營利事業承租他人房屋，將裝修租賃改良物支出列報適用產業創新條例第23條之3實質投資支出作為未分配盈餘之減除項目，因無法個別辨認屬設備性質，非屬公司或有限合夥事業實質投資適用未分配盈餘減除及申請退稅辦法第2條適用範圍。
