所得稅法第3條第2項規定，營利事業之總機構在中華民國境內者，應就其中華民國境內外全部營利事業所得，合併課徵營利事業所得稅。其境外所得已依所得來源國稅法規定繳納之所得稅，可於限額內自全部營利事業所得稅結算應納稅額中扣抵。同法第124條規定，凡中華民國與其他國家所簽訂之所得稅協定中，另有特別規定者，依其規定。
故營利事業如取得源自租稅協定國來源所得，依所得稅協定規定屬他方締約國免予課稅或訂有上限稅率之所得，應優先向他方締約國申請適用所得稅協定減免稅額，如營利事業未申請適用所得稅協定，致溢繳國外稅額，依適用所得稅協定查核準則第36條第2項規定，該溢繳之稅額，不得申報扣抵我國應納營利事業所得稅。