營業人未依規定時限或未據實傳輸存證電子發票相關資訊，按修正增訂營業稅法第48條之2規定，得處新臺幣1,500元以上15,000元以下罰鍰，限期未補正或補正不實，並得按次處罰；如屬違章情節輕微，例如：營業人經國稅局第1次通知後即依限據實補正，可依修正增訂之稅務違章案件減免處罰標準第16條之3規定免予處罰。另考量營業人需時配合上開折讓單開立規定修正資訊系統及帳務處理流程，該部已訂自114年1月1日起至同年6月30日止（為期6個月）為輔導期，針對營業人開立折讓單未依規定時限據實傳輸存證者免處行為罰，該部籲請營業人配合規定及時調整因應，避免輔導期屆滿後（即自114年7月1日起）發生逾規定時限傳輸存證而受處罰問題，以維護自身權益。
