財務長最重要的工作之一就是要備齊財務報表，依稅捐稽徵法規定進行稅務申報，包括營業稅、所得稅扣繳及營利事業所得稅申報等；若稅務申報中有任何問題，遭遇稅務機關函詢及要求查核，可能小則補稅輕罰即可，重則再加巨額罰款，甚至移送檢調機關以逃漏稅捐罪偵辦，不當處置後果將非常嚴重；所以，財務長在面對稅務機關時，必須得謹慎處理。
一、確認應申報稅額是否屬於核課期間內：依稅捐稽徵法第21條規定的核課期間為：
（一）已在規定期間內申報，且無故意以詐欺或其他不正當方法逃漏稅捐者，其核課期間為五年。
（二）未於規定期間內申報，或故意以詐欺或其他不正當方法逃漏稅捐者，其核課期間為七年。
二、配合稅捐機關進行調查：
依稅捐稽徵法第30條規定，公司應配合稅捐機關：
（一）提示帳簿、文據或其他有關文件，到達其辦公處所備詢，不得拒絕。
（二）稅捐機關應於帳簿、文據或其他有關文件提送完全之日起，三十日內發還之；其有特殊情形，得延長發還時間三十日，並以一次為限。
三、與稅捐機關進行協商：
依稅捐機關稅務案件協談作業要點，以下情形可主動與稅捐機關進行協商，盡力爭取最小稅務負擔：
（一）於審查階段中，就課稅事實之認定或證據之採認，有協談必要者。
（二）稅捐核定後，納稅義務人提出申請之案件，就核定內容有協談必要者。
（三）復查或經行政救濟撤銷重核案件，對課稅事實之認定或證據之採認，徵納雙方見解歧異者。
（四）納稅義務人申請復查之程序或理由，顯與有關法令規定不符者。
（五）納稅者權利保護官辦理納稅者權利保護事項，有協談必要者。
（六）其他稅務案件，有協談必要者。
四、善用自動補報及補繳稅款機制：
依稅捐稽徵法第48條之1規定：凡屬未經檢舉、未經稅捐稽徵機關或財政部指定之調查人員進行調查之案件，自動向稅捐稽徵機關補報並補繳所漏稅款者，各稅法所定關於逃漏稅之處罰一律免除；其涉及刑事責任者，並得免除其刑。
五、進行稅務案件行政救濟：
（一）申請復查：於繳納期間屆滿之翌日起三十日內(有補繳稅者)，或於核定稅額通知書送達之翌日起三十日內(無補繳稅者)，向原處分稽徵機關提出申請復查。
（二）提起訴願：對復查決定之應納稅額繳納三分之一，並自復查決定書送達次日起三十日內，向財政部依法提起訴願。
（三）提起行政訴訟第一審：自訴願決定書送達次日起二個月內，向高等行政法院提起行政訴訟。
（四）提起行政訴訟第二審：應於高等行政法院判決送達後二十日內，向最高行政法院提起上訴。
財務長在面臨稅務機關調查人員函詢或調查，深怕公司遭到鉅額補稅甚至處罰，均會感到戒慎恐懼或不知所措，除了可與負責簽證的會計師進行討論外，最重要的還是要迅速釐清需補稅的內容究竟屬於事實認定不同、法律解釋不同、帳務錯誤、稅捐規避或是逃漏稅？是否應補稅及其產生的法律效果將有很大的差異；建議財務長除了需要先進行內部審核外，也應善用外部與稅務機關進行協談的機制，以降低公司的稅務風險，爭取最小稅負負擔。