財務長顧名思義最主要的工作就是負責財務及會計工作，無論是上市櫃公司或是中小企業，一定需要設置財務長或財務主管，也就是擔任老闆身邊最重要及信任的帳房角色，掌握公司所有一舉一動，配合公司發展調度資源與運籌帷幄。
公司發展達到一定規模，恐怕已經不是單靠財務長就可以巨細靡遺地做好防呆與抓漏工作。目前公司法或商業會計法並沒有強制規定要求公司應訂定內部控制制度，但如果是公開發行公司，依證券交易法第14條之1規定，公開發行公司應建立財務、業務之內部控制制度，再依據公開發行公司建立內部控制制度處理準則，公開發行公司應設置隸屬於董事會之內部稽核單位，內部稽核主管之任免，應經審計委員會同意及董事會通過。
因此，雖然財務長通常也是經過董事會任命，但仍隸屬於公司總經理或執行長管理，為經營團隊之高階經理人，內部稽核主管則非負責公司內部營運作業，係直接隸屬於董事會，直接向審計委員會及董事會報告；實際上，財務長及內部稽核都是協助公司治理的重要關鍵因素，財務長綜觀全場為公司做好把脈及開立藥方，內部稽核則是從另一個角度檢視所有作業細節，並獨立監督公司是否運作正常預防弊端產生，無論是財務長或內部稽核主管，都是董事會強化公司治理的左輔右臂，缺一不可。
內部控制制度的設計仍是以公司各項核心作業循環為主，涉及財會運作項目甚多，除了公司內部稽核執行內控制度檢查，會計師每年進行財務報表查核時，也會執行內控制度的遵行測試，屬於外部稽核，以確保公司財務報表的編製品質；因此，大多數公司的內部稽核人員會從財會部門人員轉任，或聘用擁有會計師事務所工作經驗的審計人員。
財務長如何與內部稽核單位共同協助公司提升經營效率：
一、 財務會計部門負責第一線的把關，本就應該依循內部流程規定進行審核工作，作為公司治理的第一道防線，對於預算控管、憑證審核、資本支出評估、請採購議價、異常偵測與差異分析等，就可以及時攔下不合理資源浪費，等到內部稽核進行檢查時才發現問題，可能已為時已晚。
二、內部稽核單位則為公司治理的第二道防線，在此階段，不僅僅是屬於財會作業的範圍，內部稽核還可以協助財務長擴大偵測範圍到其他非財務數字的作業檢查，往往內部稽核在前期作業就能提早發現問題，並予以矯正，將可避免問題擴大或造成後續財務風險與損失。
三、內部稽核項目鉅細靡遺，記錄公司重要核心作業的運作狀況與缺失，建議財務長應詳閱內部稽核報告，以瞭解公司各部門的運作情形，及早發現問題，並提出改善方案，甚至與總經理或執行長共同研議調整組織架構與執行計畫，及時煞車或進行整改，透過稽核報告，財務長一定能做出更正確的判斷與決策。
四、除了公司內部作業的檢查，面對日益月新的法令變動與越趨嚴格的管制措施，公司若稍有不慎未能及時因應，可能會誤踩紅線，小則罰錢了事，大則傷筋動骨，甚至粉身碎骨；但一般公司因規模不大，並不會像金融業一樣設置法令遵循部門或法遵長，甚至也未有專門研究法令的法務單位或法務長，此時，財務長就可以建議由內部稽核單位擴大功能包括法令遵循的檢查，進一步降低公司違法的風險。
所以，內部稽核絕對是財務長應該好好合作的單位，彼此相輔相成，相得益彰。